Bei zu intensivem Computereinsatz besteht die Gefahr, dass die Kinder ihre motorischen Fähigkeiten nicht mehr trainieren (tippen anstatt schreiben, klicken anstatt malen und basteln). Der Hirnforscher Roger Sperry ist zu der Ansicht gekommen, dass die Ausbildung der menschlichen Intelligenz stark mit der Entwicklung der Motorik verbunden ist. Demnach könnte die Vernachlässigung der motorischen Fähigkeiten einen Einfluss auf die geistige Entwicklung der Kinder haben.

Auch birgt ein allzu intensiver Einstaz von Lernsofftware die Gefahr, das die Kinder den Unterrichtsgegenstand nur noch aus zweiter Hand kennenlernen. Die Primärerfahrung, also die persönliche Begegnung z.B. bei einem Unterrichtsgang oder der eigenständigen Durchführung von Experimenten geht verloren.

Weiterhin werden manuelle Fähigkeitem, wie etwa ein schnelles Skizzieren von Problemstellungen nicht mehr geübt. Auch besteht die Gefahr, dass der Rechner auch für Tätigkeiten verwendet wird, für die er nicht, oder schlechter geeignet ist, als seine "analoge" Alternative.

Auch gesundheitliche Risiken spielen beim Lernen am Computer eine Rolle. So strengt die Bildschirmarbeit das Auge an. Augen sind von Natur aus grundaätzlich darauf eingestellt, ständig zwischen Nah- und Fernsicht zu wechseln. Da bei der Bildschirmarbeit dies nicht erforderlich ist werden einzelne Muskeln stärker belastet und das natürliche Augenzwinkern wird unterdrückt. Dabei kann es zu Augenschmerzen, raschem Ermüden oder Kopfschmerzen kommen. Der Gesetzgeber schreibt für Bildschirmarbeitsplätze sogar eine bestimmte Arbeitsergonomie zur Gestaltung von Bildschirmarbeitsplätzen vor, die in Schulen in der Regel nicht eingehalten werden kann.